《暗碼職場(chǎng)》大結(jié)局中，韓在賢終于破解了最后一層神秘代碼「幽靈協(xié)議」，將公司高層長(zhǎng)達(dá)三年的非法數(shù)據(jù)交易網(wǎng)絡(luò)徹底曝光。
韓在賢發(fā)現(xiàn)一直被自己尊敬的導(dǎo)師樸部長(zhǎng)才是真正的幕后黑手。樸部長(zhǎng)表面是公司網(wǎng)絡(luò)安全部的創(chuàng)立者，暗地里卻利用系統(tǒng)漏洞進(jìn)行跨國(guó)數(shù)據(jù)倒賣，甚至試圖通過(guò)植入后門程序控制全國(guó)關(guān)鍵基礎(chǔ)設(shè)施。大結(jié)局高潮戲中，韓在賢在女友林允兒的幫助下，遠(yuǎn)程入侵樸部長(zhǎng)的私人服務(wù)器，獲取了完整的犯罪證據(jù)鏈。
韓在賢將證據(jù)提交給調(diào)查局，樸部長(zhǎng)在第31集結(jié)尾被依法逮捕。然而《暗碼職場(chǎng)》并沒(méi)有給出完全光明的結(jié)局——韓在賢在第32集選擇離開(kāi)公司，暗示陰謀背后可能還存在更深的勢(shì)力。結(jié)尾彩蛋中，一段神秘代碼出現(xiàn)在韓在賢的電腦屏幕上，暗示新的危機(jī)正在醞釀。
