《記憶重構》的人物關系圍繞記憶技術展開，形成了一個錯綜復雜的利益網絡。
男主角林墨是記憶管理局的刑警隊長，他的直屬上司孫局表面正直實則暗中受雇于記憶帝國。女法醫蘇晚是林墨的前女友，她擁有罕見的"記憶共情"能力，能夠感知他人記憶中的情緒波動，是破案的關鍵助手。
劇中主要存在三方勢力：以沈博士為代表的記憶帝國高層、以林墨為代表的記憶管理局正義派，以及神秘的"記憶解放組織"。值得注意的是，劇中看似反派的解放組織領袖陳博士，實際是沈博士的宿敵，她的真正目的是摧毀記憶帝國的壟斷而非傷害無辜。隨著劇情推進，林墨逐漸發現孫局其實是記憶帝國的"代理人"，這一發現讓他陷入了身份認同的危機——他究竟是在維護正義，還是在無意中成為了壟斷勢力的幫兇？
