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《土下春秋》講述文物修復師沈時雨在明代古墓修復中，發現壁畫與父親失蹤案相關的懸疑故事。第一集開篇，京郊明嘉靖年間古墓因盜墓賊破壞暴露，省文物局緊急組織搶救性發掘，沈時雨作為年輕一代文物修復師代表加入考古隊。
考古現場設在京郊一座廢棄采石場，寒風凜冽，沈時雨穿著厚重考古服從墓道中走出，手中緊握一塊剛清理出的壁畫碎片。她皺眉觀察，發現壁畫顏料層下隱約有異色紋路，這與常規明代壁畫技法不符。
考古隊長周建國是沈時雨的導師，五十出頭，頭發花白。他告訴沈時雨，這次古墓規格不俗，墓室總面積超過兩百平米，壁畫內容涉及日月星辰和歷史人物，極為罕見。沈時雨的父親沈明遠是三十年前失蹤的著名考古專家，曾參與過多處明代遺址發掘，至今生死未卜。
當天夜里，沈時雨在臨時修復室中獨自工作。她用專業工具仔細剝離壁畫碎片表面的泥土，突然，碎片背面露出一枚熟悉的徽記——那是父親沈明遠獨有的私人印記。沈時雨的手開始顫抖，她意識到這座古墓可能與父親的失蹤有關聯。
沈時雨表面上冷靜專業，但內心深處始終未能放下父親失蹤的心結。她與周建國亦師亦父，周建國曾是沈明遠的同窗，對沈明遠的失蹤始終三緘其口。考古隊中還有年輕考古員陳磊，他性格開朗，對沈時雨有好感。此外，文物局派來的特派員林詩雅全程監督發掘工作，她舉止干練，眼神敏銳。
