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《余音修復師》講述天才音頻修復師林渡意外獲得一卷神秘錄音帶，其中隱藏著二十年前父親死亡的真相。深夜調試室內的意外發現，徹底改變了他的人生軌跡。
深夜的音頻工作室里，林渡正在進行一起音頻修復任務。二十八歲的他是業內公認的修復天才，能夠從雜音中分離出細微的人聲，從失真的磁帶里還原被掩埋的秘密。此刻他正在修復一段九十年代的錄音，雇主希望從中找到商業間諜的證據。
工作間隙，林渡翻找出父親遺留下的舊物。父親林振海二十年前死于一場意外車禍，案件以醉酒駕駛結案，但林渡始終不相信這個結論。在整理父親的書柜時，他發現了一卷從未見過的老式磁帶，標簽上寫著"1999.7.15"——父親去世前三天。
林渡將磁帶放入老式錄音機，傳來一段模糊的對話聲。磁帶中有兩個男人的聲音，其中一人似乎在威脅另一人，提到"那件事你永遠瞞不住"。林渡的心跳加速，他聽出其中一個聲音竟與父親有幾分相似。
第二天，林渡來到父親生前工作的電視臺舊址。這里早已廢棄，即將拆除。在檔案室里，他找到一盒1999年的新聞錄音帶，其中一段關于化工廠污染事件的報道被人為剪裁過。敏銳的職業直覺告訴他，父親的死亡與這起事件或許存在關聯。
林渡與母親蘇雅如關系疏遠，母親對他的工作不甚關心，更希望他繼承家業。林渡的大學導師兼師父秦伯遠是音頻修復界的權威，目前隱居在城郊的老宅中。鄰居兼青梅竹馬的記者陳雨晴，對林渡的調查產生了懷疑，兩人在街頭偶遇時，陳雨晴正在追蹤一條關于地下錄音室的新聞線索。
