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《榫卯之間》開篇，年僅二十八歲的古建筑修復師姜承宇站在江南水鄉青溪鎮的碼頭，手中緊握著一封來自老宅主人的信。他此次前來，是為了修復鎮中心那座荒廢了近三十年的百年老宅"姜家別院"。這座老宅不僅是鎮上保存最完整的清代建筑，更是他童年記憶中最溫暖的地方。然而當他踏入老宅大門時，卻發現這里早已破敗不堪，而他的父親姜德明二十年前突然離家出走的真相，似乎就隱藏在這些殘垣斷壁之中。
姜承宇帶著簡單的行李住進了老宅旁的廂房，開始著手勘察。老宅的正廳已經坍塌大半，雕花木窗上的精美紋飾被蟲蛀得面目全非，那些承載著家族記憶的榫卯結構更是搖搖欲墜。就在他清理廢墟時，發現了一本泛黃的筆記本，上面密密麻麻記錄著各種榫卯工藝的尺寸和數據，字跡與他父親的手法極為相似。
鎮上的老人告訴他，姜德明當年是鎮上最有名的木匠，曾主持過老宅的一次大修。然而就在工程進行到一半時，姜德明突然不辭而別，留下了未完成的作品和滿腹疑問。姜承宇決定繼續父親未完成的修復工作，他要讓這座承載著家族記憶的老宅重獲新生。
姜承宇在鎮上遇到了多年未見的發小林小滿，如今她是鎮文化站的工作人員，負責文物保護工作。林小滿告訴姜承宇，鎮上計劃將姜家別院改造成民俗博物館，但投資方要求在三個月內完成基礎修復。時間緊迫，任務艱巨，而姜承宇心中卻隱隱覺得，父親的離開或許與這筆修復工程背后隱藏的秘密有關。
