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簡寧在整理祖父遺物時發現一本泛黃的日記本，里面詳細記載了六十年前云溪鎮中藥材貿易的繁榮景象，以及簡家先祖與當時的藥材商人周福山之間的恩怨糾葛。周福山正是如今福山集團董事長的祖父，當年他為了壟斷云溪鎮的藥材生意，暗中陷害簡家，導致簡寧的曾祖父含冤而死，簡家祖傳的《云溪藥典》也因此下落不明。
簡寧帶著日記本找到林遠山主任，兩人研究發現《云溪藥典》很可能被周家后人奪走，現任董事長周建國手中極有可能保存著這本珍貴的藥典。與此同時，陳立農從省城請來的藥材鑒定專家抵達云溪鎮，對生態種植基地的藥材進行實地考察。專家驚嘆于基地藥材的品質，明確表示這里的藥材完全符合國家標準，遠超人工種植的藥材價值。
周建國得知專家到來的消息后，決定狗急跳墻。他指使手下在藥材基地偷偷噴灑農藥，企圖破壞藥材品質，從而否定基地的價值。還好細心的蘇小婉及時發現異常，第一時間通知了簡寧。簡寧報警后，警察在基地發現了農藥殘留，周建國的手下被當場抓獲。在鐵證面前，周建國惱羞成怒，承認了一切陰謀，但他仍然拒絕交出《云溪藥典》，聲稱這本書早已被他燒毀。
簡寧在得知家族的悲慘歷史后，并沒有被仇恨蒙蔽雙眼。她想起祖父生前的教誨，中醫之道在于救死扶傷，而不是斤斤計較于個人恩怨。與此同時，簡寧與李明軒的感情也在這場風波中經歷了考驗。李明軒始終堅定地站在簡寧身邊，兩人的心更加貼近。
