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大結局中，簡寧在老藥農趙大爺的幫助下，終于找到了隱藏多年的《云溪藥典》。原來趙大爺是簡家當年的老仆，他冒著生命危險將藥典藏了起來，這一藏就是六十年。簡寧手捧《云溪藥典》，淚流滿面，她終于完成了祖父的遺愿，找回了簡家的榮耀。
簡寧將《云溪藥典》捐獻給縣中醫院，建立了一個專門的中醫藥文獻館，讓更多人了解和傳承中醫藥文化。在新聞發布會上，省里的領導高度贊揚了簡寧和云溪鎮中醫團隊的貢獻，認定生態種植基地為省級示范項目，撥款支持擴大種植規模。周建國因涉嫌商業欺詐和破壞環境被依法起訴，福山集團也面臨著重組。
云溪鎮的藥材生意重新煥發了生機，村民們紛紛加入生態種植合作社，收入有了明顯提高。簡寧被任命為縣中醫院的副院長，她婉拒了省城大醫院的高薪聘請，決定留在云溪鎮繼續發光發熱。畢業季到來，簡寧的學弟學妹們來到云溪鎮實習，簡寧將自己多年積累的經驗毫無保留地傳授給他們。
在一個陽光明媚的日子里，李明軒手捧鮮花向簡寧求婚。簡寧看著這片自己傾注了無數心血的土地，欣然答應。她深知，自己與云溪鎮的緣分早已深深扎根于這片藥香四溢的田野中?；槎Y當天，整個云溪鎮的村民都來祝賀，林遠山主任作為證婚人，講述了這對新人如何攜手守護中醫藥傳承的感人故事。
