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蘇晚晴在父親遺物中找到一張老照片，照片中的"神樹"竟然與植物園深處的一棵千年古樹完全吻合。她和林野決定深入禁地尋找真相，卻意外發現了父親留下的一個驚世秘密。
蘇晚晴根據老鐘的指引，來到植物園最深處的"幽靈山谷"，那里有一片從未對外開放的神秘區域。穿過荊棘密林，一棵需要十人合抱的千年銀杏樹出現在兩人面前，樹干上刻著蘇晚晴父親的名字。
林野檢測發現，這棵銀杏樹體內蘊含一種特殊的基因序列，能夠改良所有銀杏品種的價值。更令人震驚的是，樹的根系深處埋著一個鐵箱，里面是蘇晚晴父親留下的研究手稿，記錄了他對這種"超級基因"的發現以及遭到商業勢力追殺的經過。
綠野集團通過安插在植物園的內鬼得知此事，周建國決定不惜一切代價得到這棵樹。蘇晚晴在林野的保護下，連夜將父親的手稿送往中科院進行鑒定。與此同時，她接到醫院電話，母親突發心臟病住院。
蘇晚晴陷入事業與親情的雙重困境，林野主動承擔起照顧植物園的責任。蘇晚晴母親醒來后，第一次對林野說了感謝的話，默認了女兒的感情。綠野集團的千金周雨桐突然到訪植物園，她的出現讓林野措手不及。
