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《火影之骨魔天下》講述現代少年君無邪意外穿越至火影忍者世界，覺醒神秘骨魔血脈，在木葉村開啟一段震撼忍界的傳奇之旅。
二十一世紀大學生君無邪在古墓探險時，誤觸神秘石碑，伴隨刺骨藍光穿越至木葉村外的森林。初醒之際，他發現自身發生異變——雙臂浮現詭異骨紋，體內涌動著不屬于這個世界的黑暗力量。與此同時，感知到異常查克拉波動的木葉村上忍旗木卡卡西率隊前來探查，誤將君無邪視為可疑忍者。
雙方交鋒之際，君無邪體內骨魔血脈初次覺醒，釋放出恐怖骨系忍術，卡卡西的雷切竟被憑空生長的骨刃輕易擋下。戰斗中，君無邪意識模糊，隱約看到一位白骨構成的遠古強者虛影，那正是骨魔血脈的始祖記憶。最終君無邪力竭昏厥，被卡卡西帶回木葉村。
木葉村上忍卡卡西將神秘少年君無邪帶回木葉，詳細詢問其身份來歷。火影綱手親自接見這位突然出現的異世界來客，感知到他體內蘊含的龐大但危險的能量。漩渦鳴人、宇智波佐助等新生代忍者對君無邪充滿好奇，尤其是感知到他體內那與曉組織截然不同卻同樣邪惡的氣息。君無邪醒來后發現自己身處陌生世界，既恐懼又興奮，他意識到自己獲得了改寫命運的力量。
