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大戰結束三年后，忍者世界迎來和平。君無邪的靈魂在異世界重生，成為六道之下最強骨帝。新一代忍者成長起來，繼承了火之意志。故事圓滿落幕。
距離那場終極之戰已經過去三年。忍者世界在廢墟中重建，木葉村重新矗立起來。鹿丸成為新一代火影，指揮著村子的復興工作。鳴人和雛田的女兒漩渦向日葵健康成長，她繼承了父母的火之意志和白眼的力量。
而在另一個空間，君無邪的靈魂正在漂泊。他的意識進入了一個神秘的異世界——骨之深淵。這里是骨魔血脈的起源之地，也是歷代骨帝的安息之所。君無邪在這里遇到了骨魔血脈的創始人——第一代骨帝。
第一代骨帝將畢生功力傳授給君無邪，使其重生。君無邪重新睜開雙眼，發現自己回到了忍者世界，但時間已經過了千年。他的身體永遠維持在骨帝形態，成為六道之下最強的存在。
君無邪回到木葉村故址，發現曾經的村落已經化為一片森林。他遇到了自己的后代——漩渦一族的分支。君無邪將骨系禁術傳授給后人，創立了骨忍流派。他的傳奇故事被后人銘記，成為忍者世界永恒的傳說。
最終，君無邪成為六道之下最強骨帝，守護著忍者世界的和平。他的血脈代代相傳，骨忍流派成為忍者世界最神秘的流派之一。雛田雖然沒有復活，但她的愛永遠活在君無邪心中。故事在此畫上圓滿句號。
